El Café Flore apareció pocos años después del inicio de la Tercera República, probablemente en 1887. Debe su nombre a una escultura de la diosa mitológica Flore situada al otro lado del bulevar.

Joris-Karl Huysmans y Rémy de Gourmont fueron algunos de sus primeros asiduos. A finales del siglo XIX, Charles Maurras escribió su libro "Au signe de Flore" en el primer piso. También en esta planta se fundó en 1899 la Revue d'Action Française.

Hacia 1913, se instala un vecino, Guillaume Apollinaire. Junto con su amigo André Salmon, transforma la planta baja en una sala de redacción. Más tarde, se crea allí la revista "Les Soirées de Paris".

En los años 30, el Café de Flore era el lugar preferido de toda una familia de autores, todo el París literario se reunía allí: Georges Bataille, Robert Desnos, Léon-Paul Fargue, Raymond Queneau, Michel Leiris... También acudían Derain, los hermanos Giacometti, Zadkine y Picasso. Allí reinaba una atmósfera especial.
El mundo del cine tampoco quedó indiferente. El director Marcel Carné conoció allí al actor Serge Reggiani. El director Jean-Louis Barrault llegaba a menudo con su compañía después de las representaciones.

En 1939, un lugareño, Paul Boubal, compra el Flore. Atrae a una élite intelectual que marcará la edad de oro del café1. La pareja Jean-Paul Sartre y Simone de Beauvoir lo convierten en su cuartel general:

Una liga de pensadores rumanos también frecuentaba el lugar, por ejemplo: Emil Cioran (nunca se dirigió a Jean-Paul Sartre y lo consideraba un empresario de ideas), Eugène Ionesco y el ensayista Benjamin Fondane.

En 1984, Miroslav Siljegovic compró el Café de Flore y la Closerie des Lilas.

El café se menciona en las letras de las canciones:
Et mon père, escrito, compuesto e interpretado por Nicolas Peyrac (1975);
Les Valses de Vienne, escrita por Jean-Marie Moreau, compuesta e interpretada por François Feldman (1989);
L'Entarté, escrito e interpretado por Renaud, compuesto por Jean-Pierre Bucolo (2002).
Desde 1994, el Flore acoge cada noviembre al jurado del Prix de Flore, creado por Frédéric Beigbeder, que recompensa a un joven autor cuyo talento se considera prometedor.

Fue el escenario de la película de Louis Malle de 1963 "Le Feu follet" y, más recientemente, de la película de Frédéric Beigbeder de 2012 "L'amour dure trois ans".

A este lugar llega la estación de metro de Saint-Germain-des-Prés (línea 4).